國科會人社中心 學術研習營 暨TCPSR 2022 第三場研讀會-- 從新機制哲學談理論的地位

Abstract

新機制哲學為生物學發現提供許多重要的指引策略,其一是模組組裝,當生物學家欲為現象發現底層運作機制時,往往會先從背景知識尋找可用的機制模型,再透過實驗產生資料,進入評價與修正的工作,最終使機制模型成為完整的機制描述,當機制發現越來越豐富,就使機制知識越來越完整。在此概念架構下,建構機制模型是生物學研究起點,這被有些哲學家認為是「以假說為導向」的實作類型,僅能應用在少數生物學領域,如分子生物學。本文從分子生物學發展早期到當代分子醫學實作,指出無論是發現大腸桿菌乳糖基因調控模型或非編碼RNA影響又腔癌生長進程之調控網絡,前者使用傳統控制實驗,後者使用大數據探勘候選基因,生物學發現均始於將「模組鷹架化」(modular scaffolding)的探索行為。本文爭論,即使分子生醫科學的目標在於發現分子機制,但其實作本質仍具探索性格,非必然高度受背景機制假說主導,我們在實作中看到,建構並發展模組扮演關鍵角色,一旦由模組發展為模型,模組之重要性就會淡化,如鷹架概念一樣。當模組最初來自實驗現象或資料庫,那麼就不是以假說為導向。同時,本文也重新審視在以發展模組為核心的進路下,資料模型與既有生物理論之背景知識的互動關係為何,其以機制假說為導向的資料與背景知識關係有何不同。